Рассматриваются основы организации и развития проектно-ориентированных наукоемких предприятий. Без использования инновационной составляющей невозможно обеспечение конкурентоспособности предприятий, отрасли и экономики в целом. Формирование согласованной программы развития предприятия предполагает реализацию противоречивых целей в рамках существующих ресурсных ограничений. В качестве комплексного критерия используется уровень социально-экономического состояния предприятия, в качестве частных критериев рассматриваются экономические (финансовая деятельность предприятия), социальные (средняя заработная плата, уровень жизни) и пр. показатели. Предлагаются методологии эффективного управления предприятиями (в том числе и на основе Р2М), механизмы функционально-стоимостного анализа для оценки эффективности управления наукоемким предприятием. Приводятся модели, инструментальные средства и примеры их использования при создании и развитии конкурентоспособных проектно-ориентированных наукоемких предприятий.